十字（交叉）路口的確是限制交通系統(tǒng)通行能力的關(guān)鍵因素，這個沒什么質(zhì)疑的。
單從交叉路口的角度講，提高整個交通系統(tǒng)通行能力就有這么兩個辦法。。。
1 減少交叉路口數(shù)量
2 提高交叉路口通行質(zhì)量

關(guān)于1的辦法其實就是要在規(guī)劃上嚴(yán)格遵守道路層級，盡量不要越級交叉： 作為承擔(dān)城市主要通行功能的主干道不要一個路口就能拐進小區(qū)。這應(yīng)該就是題主所描述的問題。這種規(guī)劃的確不可取。

舉個蒸面栗子。

下面這張路網(wǎng)規(guī)劃示意圖，圖最下方是城市主干路（1級），主干路和居民區(qū)有且僅有一段支路（2級）相連（注意都有分隔帶）。

這個路網(wǎng)規(guī)劃的核心在于應(yīng)該承擔(dān)居民區(qū)進出主干路的支路，是外環(huán)形態(tài)（external ring），主要的交通流量都在居民區(qū)之外，而非穿行。這樣居民區(qū)內(nèi)部只有少量有進出需求的交通量，居民區(qū)內(nèi)部的道路更多程度上承擔(dān)了停靠和活動功能。

有關(guān)2的辦法其實很多：
設(shè)立信號燈（這里得為信號燈正名，在國內(nèi)大多數(shù)司機路權(quán)概念不明晰的現(xiàn)實下，信號燈真的太必要了）

立體交通等等